Frühgeschichte:
Bei Stein befanden sich zwei Pfahlbausiedlungen: die eine stand auf der Insel Werdli, die andere etwa auf der Höhe der Wagenhauser Kirche.
Die Römer errichteten oberhalb Stein eine Holzbrücke und auf Burg entstand ein Kastell.
Die Gründung des Klosters St. Georgen auf dem Hohentwiel ist urkundlich auf 1002 nachgewiesen. Es wurde in den Jahren bis 1007 nach Stein verlegt. Das alte Fischerdorf Stein erhielt durch kaiserliche Urkunde das Marktrecht und wurde zur Stadt.
1457 erwarb die Bürgerschaft der Stadt Stein durch Kauf um 24500 Gulden die Reichsfreiheit und ihre Unabhängigkeit,
1459 schloss Stein mit den Städten Zürich und Schaffhausen auf die Dauer von 25 Jahren ein Schutz- und Trutzbündnis.
1484 begab sich die Bürgerschaft freiwillig unter Schutz und Schirm der Stadt Zürich. Damit erreichte sie den Anschluss an die Eidgenossenschaft.
1469 erwarb das Städtchen die Herrschaftsrechte vor der Brücke.
1493 vom Abt des Klosters St. Georgen das Gredrecht samt dem grossen Zoll und
1539 die niedere Gerichtsbarkeit und das Mannschaftsrecht in der Gemeinde Ramsen, so dass dieses Dorf ebenfalls eidgenössisch wurde.
1523 setzte sich unter dem Einfluss von Zürich die Reformation durch.
1539 wurde das Rathaus erbaut. Stiftung der Glasscheiben.
1596 wurde der Marktbrunnen mit dem Aydgenossen auf der Brunnensäule erstellt,
1633 während des Dreissigjährigen Krieges erzwangen die Schweden den Übergang über den Rhein bei Stein.
1644 errichtete Zürich die Sternenschanze rings um die Stadtmauer.
1784 bewilligte der Steiner Rat entgegen der Warnung von Zürich dem preussischen König die Werbung von Söldnern in der Stadt: Militärische Besetzung der Stadt mit 800 Mann.
1799 führte der Durchzug französischer und alliierter Truppen zur Verarmung der Bevölkerung. Die Franzosen verbrannten beim Rückzug vor den Russen die alte Brücke.
1803 Stein wurde Schaffhausen zugetellt.
1828 baute der Kanton die neue Rheinbrücke.
1896 wurde die Bahnlinie Schaffhausen-Konstanz eröffnet.
1919 verlor Stein am Rhein durch den Zusammenbruch der Spar-und Leihkasse seine Steuerfreiheit.
1933 ging das Bürgergut in die Verwaltung der Einwohnergemeinde über.
1945 wurde Stein, kurz vor Kriegsende, von amerikanischen Fliegern irrtümlich bombardiert.
1957 Fünfhundertjahrfeier zur Erinnerung an den Freikauf der Stadt aus der Herrschaft der Herren von Klingenberg.