Der Obertorturm entstand vermutlich um 1419 als Wehrturm in seiner heutigen Gestalt. Östlich vorgelagert, bestand bis 1832 ein Vorwerk.
Die kleine Glocke wurde bei den gefürchteten Brandausbrüchen als Sturmglocke geläutet. 1934 stand das Turmdach selbst in Brand. Es konnte rekonstruiert werden, doch die Turmwächterfamilie kehrte nicht mehr in die winzige Turmwohnung zurück.
In die Fahnenkugel waren schon bei früheren Renovationen Zeitdokumente eingelötet worden. Diese wurden 1934 ergänzt, Auch die «Geschichte der Stadt Neunkirch» fand darin Platz.
Über dem südlichen Seitentor finden wir den Spruch: «Dur's gross Tor goht din letzte Gang, drum gang durs Chli und leb no lang.»
Dass die Preise auch früher schon wichtig waren, bezeugen zwei an den Torbogen der Turmaussenseite, eingemeisselte Angaben über Korn- und Weinpreise in den Jahren 1572 und 1574: «Galt ein Fuder Win hundert und 5 Guldin» und «Galt ein Mut Korn 6 Guidy 5 Batze».
Der Boden über dem Haupttor ist mit einer Öffnung versehen, durch welche heisses Pech auf Eindringlinge herab geleert werden konnte.
Leider wurde das Gegenstück dieses Stadtzuganges, der Untertorturm am Westeingang des Städtchens, nach einem Grossbrand im Jahre 1825 abgebrochen.
Das Gemeindehaus oder «Gmaandhuus», ein stattlicher Bau mit gotischen Fenstern und zwei wuchtigen Treppengiebeln, betont die Mitte des Städtchens. Es wurde 1568 erbaut und seither wenig verändert. Da das Tavernenrecht früher nicht bei Privaten, sondern bei der Gemeinde lag, ist wie in den umliegenden Dörfern das «Gemeindehaus» die grösste Wirtschaft.
Mit Hilfe des Bundes wurde es in den siebziger Jahren stilvoll renoviert. Am Gewölbedurchgang, dort wo sich vorher eines der Schlachtlokale befand, wurde ein Kreuzgewölbe freigelegt. Südlich davon, im zweiten Schlachtraum, befindet sich heute das Archiv.
Eine Sonnenuhr mit dem Wahlspruch «Deus spes nostra est» ziert die Südfassade.
Die Flachbogen der tiefen Fensternischen in Gaststube und Saal werden durch schön gearbeitete Steinsäulen gestützt. Zwei lustige Holzfiguren seien, so die Sage, Maurer und Zimmermann, die sich gegenseitig die Verzögerung des Baus vorwarfen und nun zur Strafe für ewige Zeiten den Deckenbalken tragen müssten.
Unter diesen Balken sagte man sich auch manchmal die Meinung: Es war bis vor kurzem der Ort der Gemeindeversammlung ! Gut, dass die Teilnehmer anschliessend noch gemütlich bei einem Glas Wein zusammensitzen konnten.
Das Rietmannsche Doppelhaus: J. Rietmann, geboren zu Neunkirch, in sardischen Diensten bis zum General aufgerückt, veranlasste den Bau 1762. Zwei aussen und innen völlig gleiche Wohnteile frankieren ein Ökonomiegebäude, das seinerseits in der Mitte die Scheune seitlich je einen Stall aufweist, Die südliche Hauptfront zeigt diese Anordnung auch heute noch. Das Innere ist mit seinen Stuckdecken und Kachelöfen aus dem 19.Jahrhundert ebenfalls recht gut erhalten. Über dem Scheunentor prangt eine wunderschöne Sonnenuhr mit Merkur und Saturn sowie dem Doppelwappen Pfeiffer/Rietmann.
Die beiden ältesten Brunnen sind schon auf dem Stich von Merian (1654) eingezeichnet. Sie wurden in den Jahren 1767 (oberer Brunnen) und 1769 (unterer Brunnen) umgestaltet. Beide weisen achteckige Tröge auf; auf der Brunnensäule steht eine Nachbildung der Bergkirche. Diese findet sich auch im Wappen Neunkirchs. Diese Brunnen dienten, zusammen mit denjenigen aus dem 19.Jahrhundert, dem Vieh aus den zahlreichen Ställen im Städtchen als Tränke.
In der Unteren Kirche, oder Stadtkirche, wird im Winter Gottesdienst gehalten. Sie ist schon 1303 belegt, wurde mehrmals umgestaltet und 1962 renoviert. Heute ist das Innere von einer schlichten Schönheit und Harmonie.
Im Nordwesten der Kirche, an der ehemaligen Pfarrhelferei (jetzt Polizeiposten, Wand an Wand mit dem Pfarrhaus), finden wir eine Erinnerungstafel an den Geschichtsschreiber Johannes von Müller, der hier seine ersten Jahre verbrachte.
Gegenüber im Osten die ehemalige Zehntscheune mit dem Wappen des Bischofs Hugo von Landenberg.
Als Kunstdenkmal wertvoller ist die Bergkirche, oder Obere Kirche, auf dem Hügel südlich des Städtchens, die zu den ältesten der Region gehört. Bei Grabungen wurden karolingische und romanische Bauteile entdeckt. 1292 erfolgte der Bau einer spätromanischen Kirche. 1484 kam auf der Nordseite der heutige Turm dazu. Im Jahre 1598 wurde auf der Südseite ein Seitenschiff angefügt. Eine der beiden kleinen Glocken trägt die Jahrzahl 1299 und ist damit eine der ältesten der Schweiz. Die grosse Glocke goss Peter Füssli von Zürich.
Ein prachtvoller, fachgerecht gepflegter Rosengarten schmückt den Zugang zum Friedhof und zur Bergkirche und erfreut Rosenkenner und Besucher.
Der Oberhof, das ehemalige «Schloss», war während sieben Jahrhunderten - sowohl zur Zeit der bischöflichen wie der städtischen Herrschaft - Sitz der, Landvögte. Zur Landvogtei Neunkirch, der grössten Vogtei der Stadt Schaffhausen, gehörten auch die beiden Hallau, Gächlingen, Siblingen, Wilchingen, Trasadingen, Osterfingen und Haslach. Bis 1895 war der Oberhof auf der Nordseite mit Zinnen versehen.
Neben dem Toreingang begrüsst uns ein Findling als Gedenkstein für W. Wildberger, den Verfasser der «Geschichte der Stadt Neunkirch». Der Hof wird gerne als romantische Kulisse für musikalische Aufführungen verwendet.
Seit 1952 ist im Mittelteil ein mit Liebe und Sorgfalt eingerichtetes Heimatmuseum untergebracht. Die sehenswerte Sammlung in den historischen Räumen versetzt uns für eine Weile um Generationen zurück. Sie umfasst Dokumente zur Ortsgeschichte, Möbel und Hausrat, landwirtschaftliche Geräte, Produkte des einheimischen Gewerbes wie Töpferwaren und Ofenkacheln und vieles mehr. Öffnungszeiten siehe Einlageblatt.