Obwohl einige Benutzer die ausschließliche Verwendung der Shell oder der Workbench bevorzugen, können die meisten beides verwenden, nachdem sie sich mit den Grundlagen von AmigaDOS vertraut gemacht haben. Da Shell-Fenster auf dem Workbench-Bildschirm geöffnet werden können, ist ein problemloser Wechsel zwischen den beiden Arbeitsmethoden möglich. Ob Sie die Workbench oder die Shell verwenden, hängt dann vom Einzelfall und Ihrer Einschätzung ab, mit welcher Methode Sie bestimmte Funktionen schneller ausführen können.
Sie können zwar primär mit der Workbench arbeiten, aber wir empfehlen Ihnen dennoch, sich mit AmigaDOS vertraut zu machen, damit Sie spezielle AmigaDOS-Befehle aufrufen und gegebenenfalls Befehlsdateien auf deren Funktion überprüfen können. Die zahlreichen benutzerfreundlichen Funktionen der Amiga-Shell vereinfachen den Lernprozeß und ermöglichen im Vergleich zu anderen Befehlszeilensystemen eine wesentlich leichtere Verwendung von AmigaDOS. Falls Sie es bevorzugen, AmigaDOS nicht direkt zu verwenden, können Sie Befehlsdateien und Shell-Befehlen Piktogramme zuordnen.
Shell-Benutzer, die nicht mit der Workbench arbeiten, müssen dennoch nicht auf die Vorteile der integrierten GUI-Unterstützung des Amiga verzichten. Mit Hilfe der Maus können Shell-Fenster - wir Workbench-Fenster - schnell verschoben und vergrößert/verkleinert werden. Außerdem können Shell-Fenster jederzeit in den Vorder- bzw. Hintergrund gebracht und jederzeit geöffnet oder geschlossen werden. Shell-Fenster können auch auf anderen "öffentlichen" Bildschirmen als dem Workbench-Bildschirm geöffnet werden. Darüber hinaus können Sie die Arbeitsumgebung für die Befehlszeile unter Verwendung der Hilfsprogramme "Fkey", "MouseBlanker" und anderer Commodity-Programme Ihren Wünschen entsprechend anpassen.