@database SeqGen @master Työlevy2:SeqGenProj/dist/Docs/SeqGenFinnish.guide @$VER: 1.1 @author "Marko Raina" @(c) "Marko Raina" @remark Created with Heddley v1.1 (c) Edd Dumbill 1994 @remark Heddley Bugs Fixed with FixHeddley 1.2 (c) 1995 by David Zvekic @node "MAIN" "SeqGen ohjeet" @next "Disclaimer" @{b}SeqGen 1.1-ohjeet@{ub} @{u}Yleistä:@{uu} @{" Copyright & disclaimer " link "Disclaimer" 0} Tärkeää @{" Ohjelman käyttöönotto " link "Install" 0} Ohjelman sijoitus levylle @{" Ohjelman käynnistys " link "Start" 0} Shell ja WB @{" Ohjelman kuvaus " link "Description" 0} Mihin ohjelmaa käytetään @{" Pääikkuna " link "MainWindow" 0} Gadgetit, näppäimistö, hiiri @{" Tietoja tekijästä " link "Author" 0} Yhteystiedot @{u}Valikot:@{uu} @{" Projektivalikko " link "0.0" 0} Tiedostot ja tulostus @{" Editointivalikko " link "1.0" 0} Leikekirjatoiminnot @{" Aminohapot-valikko " link "2.0" 0} Aminohappotaulukot @{" Asetukset-valikko " link "3.0" 0} Editointi- ja tulostusasetukset © Marko Raina 1996-97 @endnode @node "Disclaimer" "Copyright & disclaimer" @next "Install" @prev "MAIN" Tämä on SeqGen 1.1. Ohjelman tekijä ja kopiointioikeudet © Marko Raina -96-97. Ohjelmaa saa levittää vapaasti, kunhan tämä arkiston sisältöä ei muuteta eikä sen levittämisestä oteta maksua (Freeware). Käytät ohjelmaa omalla vastuullasi! Tekijä ei ota vastuuta tärkeiden tietojen menetyksestä, eikä muustakaan harmista ja mielipahasta, mitä ohjelma kenties käyttäjälle tuottaa. Edellä mainitusta huolimatta otan mielelläni vastaan havaintoja mahdollisista ohjelmointivirheistä. @endnode @node "Install" "Ohjelman käyttöönotto" @next "Start" @prev "Disclaimer" SeqGen 1.1:n installointi onnistuu helposti purkamalla arkisto ja tuplanäpäyttämällä Install-SeqGen-ikonia. SeqGen-hakemiston sisältämät tiedostot ovat: catalogs (dir) suomi (dir) SeqGen.catalog español (dir) SeqGen.catalog Config (dir) def_app.info def_seq.info NormalAcids.aa SeqGen.prefs develop (dir) Empty.ct SeqGen.cd Docs (dir) History History.info Pepscan.ilbm Pepscan.ilbm.info SeqGenEnglish.guide SeqGenEnglish.guide.info SeqGenFinnish.guide SeqGenFinnish.guide.info SeqGenSpanish.guide SeqGenSpanish.guide.info Sequences (dir) Little.seq Little.seq.info Config.info Docs.info Install-SeqGen Install-SeqGen.info SeqGen SeqGen.info SeqGen.readme SeqGen.readme.info Sequences.info SeqGenin pitäisi toimia, jos OS-versio on 2.04 tai uudempi. WB2.1:ssä ja uudemmissa oleva lokalisointi toimii SeqGen:ssä. Ohjelman mukana toimitetaan suomen- ja espanjankielinen .catalog-tiedosto. Ohjelman mukana tulee myös .cd-tiedosto, jonka avulla ohjelman voi lokalisoida muillekin kielille. Lisäksi tarvitaan CatComp-tyyppinen lokalisointiohjelma, joita liikkuu mm. Aminetissa. SeqGenin poisto levyltä on myös helppoa: poista koko SeqGenin hakemisto sisältöineen valitsemalla SeqGen-hakemiston ikoni ja WB:n ikonivalikosta komento "Delete" tai "Poista". @endnode @node "Start" "Ohjelman käynnistys" @next "Description" @prev "Install" SeqGen voidaan käynnistää sekä Shellistä että Workbenchista. Ohjelma pyrkii lataamaan omasta hakemistostaan @{"aminohappotaulukon" link "Files" 0} NormalAcids.aa ja @{"asetustiedoston" link "Files" 0} SeqGen.prefs. Mikäli näitä ei löydy, käyttää ohjelma oletusasetuksia. @{u}1. Käynnistys Shellistä@{uu} Komentorivin argumenttikaava (kts. AmigaDOS-manuaali) on SEQUENCE,ACIDS/K,SETTINGS/K,PUBSCREEN/K,BUFFER/N/K Kaikki argumentit ovat vapaaehtoisia. Selitykset: SEQUENCE - avattava sekvenssitiedosto ACIDS - avattava happotiedosto SETTINGS - avattava asetustiedosto PUBSCREEN - pääikkuna avataan tälle ruudulle BUFFER - sekvenssipuskurin koko happoina (vähintään 100) Esimerkiksi: SeqGen ohjelma käynnistetään, oletustiedostot avataan SeqGen file.seq oletusasetustiedostot ja sekvenssitiedosto file.seq avataan SeqGen file.seq settings abnormal.prefs kuten edellinen, asetustiedostoksi ladataan abnormal.prefs @{u}2. Käynnistys Workbenchistä@{uu} Käynnistys on mahdollista sekä ohjelman että sekvenssitiedoston ikonista. Tooltype't ovat samat kuin komentorivin argumenttikaavassa lukuunottamatta SEQUENCE-argumenttia. Tooltype'jä voi muuttaa valitsemalla ensin ikoni ja sitten Workbenchin Icons-valikon Information-vaihtoehto. Käyttämättömät tooltypet ovat suluissa. Seuraavassa esimerkissä ohjelma käynnistyy ja lataa käyttöönsä abnormal.prefs-asetustiedoston: (ACIDS=) SETTINGS=abnormal.prefs @endnode @node "Description" "SeqGenin käyttötarkoitus" @next "MainWindow" @prev "Start" SeqGen on proteiinien @{"aminohappojärjestyksen" link "Amino acids" 0} ts. -sekvenssin editoimiseen, tulostamiseen ja tallentamiseen tarkoitettu ohjelma. SeqGen:llä voi proteiinirakenteen syöttää joko yksikirjainlyhenteinä suoraan @{"näppäimistöltä" link "MainWindow" 0} tai yksikirjain / monikirjainlyhenteinä ikkunassa olevan @{"painonappien" link "MainWindow" 0} avulla. Jos rakenne on levyllä esimerkiksi haettuna tietokannasta, se voidaan siirtää leikekirjan (clipboard) välityksellä (katso @{"esimerkki" link "Example" 0}). Ohjelman avulla voi tehdä tiedostoja, jotka ovat yhteensopivia esimerkiksi Commonwealth Serum Laboratories'n @{"Pepscan" link "Pepscan" 0}-suunnitteluun tarkoitetun MS-DOS-tietokoneohjelman (v3.20, 1987) kanssa. CSL:n ohjelma ei ole kovin miellyttävä käyttää, ja ongelmia syntyy varsinkin jos proteiinin rakenne halutaan syöttää käsin tai osapeptidien välinen @{"askel" link "3.2" 0} halutaan suuremmaksi kuin 1. SeqGenin avulla nämä tehtävät voidaan suorittaa helposti. Sekvenssi syötetään tai siirretään SeqGenin editointialueelle, ja kun halutaan luoda lopullinen CSL:n ohjelman tiedosto, tallennetaan sekvenssi tai sen osa @{"formaattiasetuksissa" link "3.2" 0} muotoiltua formaattia käyttäen. Tallennettu tiedosto voidaan sitten ladata CSL:n ohjelmaan esimerkiksi BNET-synteesiin. Samoilla formaattiasetuksilla voidaan sekvenssi myös @{"tulostaa" link "0.8" 0} paperille. @endnode @node "MainWindow" "Pääikkuna" @next "Author" @prev "Description" Pääikkunan rakenne on seuraava: +-------------------------------------------+ | Siirry: Etsi: | | | | Symbolit | | ------------- ------------------ | | |001:editointi| | @ Lyhennemuoto | | | |010:alue | ------------------ | | | | | | | | happo1 happo2 happo3 | | | | happo4 ... | | | | | | ------------- | +-------------------------------------------+ Sekvenssin editointi tapahtuu editointialueella, joka on ikkunassa vasemmalla puolella. Sekvenssiä voidaan syöttää, kun editointialue on aktiivinen; tämän merkkinä alueella näkyy kursori. Aktivointi tapahtuu hiiren avulla osoittamalla ja painamalla hiiren vasenta nappia. @{u}Gadgetit@{uu} Siirry Kun halutaan siirtää kursori tietyn aminohapon kohdalle, kirjoitetaan haluttu järjestysnumero tähän gadgetiin. Etsi Kun halutaan löytää tietty aminohappojono, kirjoitetaan se tähän gadgetiin. Etsintä alkaa kursorin alla olevasta aminohaposta. Väliviivan voi jättää pois. Symbolit Tästä voi valita editointialueelle ja leikekirjaan tulostuvien aminohappojen muodon (lyhyt/pitkä). Hapot Näitä gadgeteja painamalla voi syöttää sekvenssiä ilman näppäimistöä. Editointialueen tulee olla aktiivinen. Jos happogadgeteja ei ole ollenkaan, aminohappotaulukko on tyhjä. @{u}Näppäimistö@{uu} Hapot Kun editointialue on aktiivinen, voi aminohapon lisätä sekvenssiin. Näppäimistön avulla: tällöin aminohapon lyhennekirjainta painamalla sekvenssiin lisätään kursorin kohdalle kyseinen aminohappo. Tämä toimii riippumatta siitä, onko aminohappojen tulostusmuotona lyhyt vai pitkä muoto. Kursori Kursorinäppäimillä voi siirtyä rivin ylös- tai alaspäin sekä aminohapon verran oikealle tai vasemmalle. SHIFT-näppäimen kanssa vastaavasti siirrytään näytöllinen ylös tai alas tai rivin alkuun / loppuun riippuen kursorinäppäimestä. Näytön vierittäminen käy editointialueen oikealla puolella olevan vierityspalkin ja -nuolien avulla. Delete Happojen poisto onnistuu Backspace- ja DEL-näppäimillä. Edellinen poistaa hapon kursorin vasemmalta puolelta, jälkimmäinen kursorin alta. Suurempia alueita voi poistaa valitsemalla alue hiirellä ja valitsemalla valikoista @{"Editointi/Poista" link "1.7" 0}. Help HELP-näppäintä painamalla saadaan näkyviin tämän manuaalin pääikkunaan liittyvä sivu. Jos valitset jonkin toiminnon valikosta ja painat samalla HELP-näppäintä, avautuu tätä toimintoa vastaava manuaalin sivu. @{u}Hiiri@{uu} Hiirellä voidaan kursori siirtää halutun aminohapon kohdalle osoittamalla kyseistä happoa ja painamalla hiiren vasenta nappia. Hiirellä on myös mahdollista valita suurempi joukko happoja @{"editointivalikon" link "1.0" 0} toimintoja varten painamalla hiiren vasen nappi pohjaan ja liikuttamalla sitä haluttuun suuntaan. @endnode @node "Pepscan" "Pepscan-metodi" Pepscan-metodi on H. Geysenin tutkimusryhmineen 80-luvulla kehittämä menetelmä¹, jonka avulla voidaan syntetisoida suuria määriä lyhyitä peptidejä eli useasta @{"aminohaposta" link "Amino acids" 0} koostuvia polymeerejä. Peptidit "kasvatetaan" muovista valmistetun puikon eli pinnin pinnalle. Pinniä voidaan käyttää useita kertoja serologisissa tutkimuksissa. Yhteen pinniin tulee useita kopioita samasta peptidistä. Menetelmää voidaan käyttää ns. @{"epitooppikartoituksessa" link "Mapping" 0}. Kuvaa Pepscan-proseduurista voit katsoa @{"Display-ohjelmalla (< WB 3.0)" system "Display Pepscan.ilbm"} tai @{"Multiviewillä" link "PepScan.ilbm/main" 0}. Ensin mainittu linkki toimii vain luettaessa tätä manuaalia ohjelman ulkopuolelta. ¹ @{i}Geysen et al: Use of peptide synthesis to probe viral antigens for epitopes to a resolution of a single amino acid. Proc Natl Acad Sci 81: 3998-4002, 1984)@{ui} @endnode @node "Epitope" "Epitooppi" Epitooppi on se kohta @{"antigeenissa" link "Antigen" 0}, jota vastaan elimistön immuuni- eli puolustusjärjestelmä varsinaisesti reagoi. Se on usein tietty kohta esimerkiksi viruksen jossakin proteiinissa. Useimmiten taudinaiheuttajalla on monta tällaista vasta-aineen muodostuksen aiheuttavaa kohtaa. @endnode @node "Mapping" "Epitope mapping" Epitooppikartoituksella tarkoitetaan proteiinin @{"epitooppien" link "Epitope" 0} etsimistä. Pepscan-menetelmällä voidaan etsiä B-soluepitooppeja eli @{"vasta-aineiden" link "Antibody" 0} muodostuksen aiheuttavia @{"antigeenin" link "Antigen" 0} osia. Peptidien lyhyyden (8-10 aminohappoa) vuoksi havaitaan vain lineaarisia epitooppeja. Epäjatkuvat epitoopit, jotka muodostuvat proteiinin taipumisessa kolmiulotteiseen muotoonsa, vaativat muita menetelmiä. @{u}Esimerkki@{uu} Proteiinin rakenne on vaikkapa A-C-D-E-F-G-H (kirjaimet tarkoittavat aminohappoja). Jos oletetaan, että epitooppi on vaikkapa 4 aminohapon pituinen, syntetisoidaan pinneihin seuraavat peptidit 1 aminohapon askeleella ja käytetään niitä kartoituksessa: Pinni1: A-C-D-E Pinni2: C-D-E-F Pinni3: D-E-F-G Pinni4: E-F-G-H Synteesin jälkeen pinnejä inkuboidaan kyseisen viruksen tai bakteerin aiheuttaman taudin sairastaneen potilaan seerumissa, jolloin seerumin vasta-aineet tarttuvat niihin peptideihin, joita vastaan ne ovat syntyneet. Mittaamalla vasta-aineiden sitoutuminen voidaan löytää epitooppikohdat proteiineissa eli ne kohdat, jotka eniten sitovat vasta-aineita. Näitä kohtia proteiinissa voidaan valmistaa muilla keinoilla ja käyttää niitä esimerkiksi kyseisen taudin diagnostiikassa. @endnode @node "Files" "Tiedostotyypit" SeqGen tuottaa kolmenlaisia tiedostoja: sekvenssi-, aminohappotaulu- ja asetustiedostoja. Tässä niistä joitain tietoja. @{u}1. Sekvenssitiedosto@{uu} Tähän tiedostoon tallennetaan editoitava sekvenssi Projekti/Tallenna - valikkotoiminnolla. Tiedostoon tallennetaan myös formaattiasetukset ja käytetyn aminohappotaulukon nimi. Normaalisti tiedoston nimessä on ".seq"-pääte. @{u}2. Aminohappotiedosto@{uu} Tämä on aminohappojen lyhyiden ja pitkien nimien muodostama taulukko. Ohjelman mukana toimitettavassa "config/NormalAcids.aa"-tiedostossa on luonnon proteiineissa esiintyvien 20 aminohapon määrittely. Normaalisti tiedostonimessä on pääte ".aa". Kun SeqGen käynnistetään, ohjelma yrittää avata tiedoston "config/NormalAcids.aa". @{u}3. Asetustiedosto@{uu} Tähän tiedostoon tallennetaan editointi-, formaatti- ja ikkunan kokoasetukset. Tiedostonnimillä on normaalisti pääte ".prefs". SeqGen-ohjelmaa käynnistettäessä se yrittää avata tiedoston "config/SeqGen.prefs". Ikkuna-asetukset luetaan vain ohjelmaa käynnistettäessä. @endnode @node "Antigen" "Antigeeni" Antigeeni on mikä tahansa rakenne, jota elimistön immuuni- eli puolustusjärjestelmä pitää vieraana ja hyökkää sitä vastaan. Antigeeneja voivat olla bakteerien, sienien tai virusten osat, lääkeaineet, ja jopa ihmisen elimistön omat rakenteet. @endnode @node "Antibody" "Vasta-aineet" Vasta-aineet ovat B-imusolujen tuottamia pieniä proteiineja, jotka voivat kiinnittyä tautia aiheuttavaan mikrobiin. Muut immuunijärjestelmän osat voivat tämän jälkeen tuhota mikrobin. Sekundaarivasta-aineet ovat muihin vasta-aineisiin kiinnittyviä vasta-aineita, jotka on valmistettu laboratoriokäyttöön. Niihin voidaan liittää jokin merkkiaine, esimerkiksi väriä tuottava entsyymi, ja käyttää niitä sitten ihmisen vasta-aineiden havaitsemiseen. @endnode @node "Amino acids" "Aminohapot" Aminohapot ovat pieniä molekyylejä, joissa on ainakin yksi karboksyyliryhmä (-COOH) ja aminoryhmä (-NH2). Aminohappojen erikoiset kemialliset ominaisuudet mahdollistavat niiden polymeroitumisen lyhyiksi ketjuiksi eli peptideiksi ja hyvinkin pitkiksi ketjuiksi eli proteiineiksi. Sekä peptidit että proteiinit ovat oleellinen osa elollista luontoa. Luonnossa proteiineissa esiintyviä aminohappoja on 20 kpl. Ohjelman mukana toimitettava NormalAcids.aa -tiedosto sisältää nämä aminohapot. Kansainvälisen standardin mukaisesti kullakin aminohapolla on yhden kirjaimen pituinen lyhenne, joiden avulla voidaan pitkätkin proteiinit kuvata tiiviisti. Ihmismuistille selkeämpiä ovat vastaavat kolmikirjaimiset lyhenteet. SeqGen-ohjelmassa voidaan proteiinin aminohapposekvenssiä käsitellä sekä 1-kirjain- että kolmikirjainmuodossa. Luonnon proteiinien aminohapot ovat: @{u}Lyhenne 3-lyhenne Koko nimi@{uu} A Ala Alaniini C Cys Kysteiini D Asp Aspartaatti E Glu Glutamaatti F Phe Fenylalaniini G Gly Glysiini H His Histidiini I Ile Isoleusiini K Lys Lysiini L Leu Leusiini M Met Metioniini N Asn Asparagiinihappo P Pro Proliini Q Gln Glutamiinihappo R Arg Arginiini S Ser Seriini T Thr Treoniini V Val Valiini W Trp Tryptofaani Y Tyr Tyrosiini @endnode @node "Example" "Esimerkki ohjelman toiminnasta" Esimerkkinä kuvataan 94 peptidiä sisältävän peptiditiedoston luominen. Peptidit ovat proteiinin alusta, kymmenen aminohapon pituisia ja kolmen aminohapon askeleella. @{u}1. Sekvenssin syöttö@{uu} Proteiinin aminohappojärjestys saatiin tietokannasta PC-levyllä ja se siirrettiin Amigan levylle CrossDOSin avulla. Tekstieditorilla otsikkotiedot ja aminohappojen numerot poistettiin ja jäljelle jäänyt sekvenssi leikattiin leikekirjaan. Sekvenssi @{"liimattiin" link "1.3" 0} sitten SeqGenin editointipuskuriin. @{u}2. Formaatin suunnittelu@{uu} CSL:n ohjelma tallentaa peptiditiedostonsa seuraavaan muotoon: * Erilaisten peptidien määrä * Peptidi1 (1-kirjainlyhenteet, ei väliviivoja) * Syntetisoitavien peptidi1:en lkm * Peptidi2 * Syntetisoitavien peptidi2:en lkm * ... * Peptidi "määrä" * Syntetisoitavien peptidien "määrä" lkm Tämän perusteella @{"formaattiasetukset" link "3.2" 0} olivat: * Alkuteksti : 94\n * Formaatti : %s\n\1\n * Lopputeksti : * Peptidien pituus : 10 * Askel : 3 valittiin "Lyhyet hapot" ja "Tulosta vain", poistettiin "Väliviiva" * Peptidien lkm : 94 * alkaen (haposta) : 1 @{u}3. Peptiditiedoston luonti levylle ja jatkokäsittely@{uu} Valittiin valikosta @{"Projekti/Tallenna formaatilla..." link "0.7" 0} ja annettiin sopiva nimi. Tiedosto siirrettiin takaisin PC-levyllä. Tämän jälkeen tiedosto ladattiin @{"CSL:n" link "Description" 0} PepScan-ohjelmaan BNET-synteesin pohjaksi. @endnode @node "Author" "Tietoja ohjelman tekijästä" @next "0.0" @prev "MainWindow" Tämän ohjelman on tehnyt Marko Raina Paatsamakuja 4 D 60 01360 Vantaa Email: blmara@uta.fi Huom! Kumpikin osoite muuttuu lähiaikoina. Etsi yhteystietoni tarvittaessa Internet-haulla. Otan mielelläni vastaan kommentteja, bugiraportteja, ehdotuksia jne. Ohjelma on vielä hyvin suppea, hyviä laajennuksia olisi ehkä AREXX-portti. parempi GUI (nykyinen on puoli-fonttisensitiivinen) jne. Ohjelma on kehitetty A500:lla, mutta nyt tämän version tekemisessä olen käyttänyt Amiga 1200/Blizzard 1230-yhdistelmää. Kääntäjänä on ollut DICE C v.2.07.56R. Kiitossivun voit lukea painamalla @{"tästä" link "Thanks" 0}. @endnode @node "Thanks" "Kiitokset" Kiitokset niille monille henkilöille, joiden tekemiä ohjelmia olen käyttänyt tämän ohjelman suunnittelussa ja toteutuksessa: * Jan van der Baard GadToolsBox 2.0c - käyttöliittymän editori * Dámaso Domínguez Estévez Käännös espanjaksi * Matthew Dillon DICE 2.07.56R - C-kääntäjä * Edd Dumbill Heddley 1.1 - Amigaguide-editori * Dietmar Eilert GoldEd 3.13 - tekstieditori * David Zvekic FixHeddley 1.2 - Heddley fixer @endnode @node "0.0" "Projektivalikko" @next "0.1" @prev "Author" Projektivalikko: @{" Avaa... " link "0.1" 0} @{" Tyhjennä " link "0.2" 0} @{" Tallenna " link "0.4" 0} @{" Tallenna nimellä... " link "0.5" 0} @{" Tallenna formaatilla... " link "0.7" 0} @{" Tulosta formaatilla " link "0.8" 0} @{" Tietoja... " link "0.10" 0} @{" Apua " link "0.11" 0} @{" Ikonisoi " link "0.13" 0} @{" Lopeta " link "0.15" 0} @endnode @node "0.1" "Projekti/Avaa" @toc "0.0" @next "0.2" @prev "0.0" Lukee muistiin SeqGen:llä talletetun @{"sekvenssitiedoston" link "Files" 0} levyltä. @endnode @node "0.2" "Projekti/Tyhjennä" @toc "0.0" @next "0.4" @prev "0.1" Tyhjentää sekvenssin. Jos sitä ei ole tallennettu, varmistaa ensin. @endnode @node "0.4" "Projekti/Tallenna" @toc "0.0" @next "0.5" @prev "0.2" Tallentaa @{"sekvenssin" link "Files" 0} levylle. @endnode @node "0.5" "Projekti/Tallenna nimellä" @toc "0.0" @next "0.7" @prev "0.4" Kysyy tiedoston nimen ja tallentaa @{"sekvenssin" link "Files" 0}. @endnode @node "0.7" "Projekti/Tallenna formaatilla" @toc "0.0" @next "0.8" @prev "0.5" Tallentaa sekvenssin @{"formaattiasetuksien" link "3.2" 0} mukaisessa muodossa. @endnode @node "0.8" "Projekti/Tulosta formaatilla" @toc "0.0" @next "0.10" @prev "0.7" Tulostaa sekvenssin @{"formaattiasetuksien" link "3.2" 0} mukaisesti kirjoittimelle. Tulostuksen voi keskeyttää painamalla tulostusikkunan "Pysäytä"-nappia. @endnode @node "0.10" "Projekti/Tietoja" @toc "0.0" @next "0.11" @prev "0.8" Kertoo perustietoja ohjelmasta, sekvenssistä ja aminohapoista. @endnode @node "0.11" "Projekti/Apua" @toc "0.0" @next "0.13" @prev "0.10" Avaa tämän dokumentin (tiedoston "SeqGen.guide" ohjelman hakemistossa). @endnode @node "0.13" "Project/Ikonisoi" @next "0.15" @prev "0.11" Ikonisoi ikkunan eli sulkee sen ja sijoittaa Workbenchiin appikonin. Tätä appikonia napauttamalla (kahdesti) avautuu ikkuna uudelleen. Appikonin kuva otetaan tiedostosta "config/def_app.info". @endnode @node "0.15" "Projekti/Lopeta" @toc "0.0" @next "1.0" @prev "0.13" Päättää ohjelman suorituksen. @endnode @node "1.0" "Editointivalikko" @next "1.1" @prev "0.15" Editointivalikko: @{" Leikkaa " link "1.1" 0} @{" Kopioi " link "1.2" 0} @{" Liimaa " link "1.3" 0} @{" Valitse kaikki " link "1.5" 0} @{" Poista " link "1.7" 0} @endnode @node "1.1" "Editointi/Leikkaa" @toc "1.0" @next "1.2" @prev "1.0" Siirtää @{"hiirellä" link "MainWindow" 0} tai @{"Editointi/Valitse kaikki" link "1.5" 0}-toiminnolla valitun alueen sekvenssistä leikekirjaan (clipboard). Alue voidaan tämän jälkeen kopioida toiseen paikkaan sekvenssissä tai esimerkiksi tekstinkäsittelyohjelmaan. @endnode @node "1.2" "Editointi/Kopioi" @toc "1.0" @next "1.3" @prev "1.1" Kopioi @{"hiirellä" link "MainWindow" 0} tai @{"Editointi/Valitse kaikki" link "1.5" 0}-toiminnolla valitun alueen sekvenssistä leikekirjaan (clipboard). Valittua aluetta ei poisteta sekvenssistä kuten Leikkaa-toiminnossa. @endnode @node "1.3" "Editointi/Liimaa" @toc "1.0" @next "1.5" @prev "1.2" Liimaa leikekirjan sisällön sekvenssiin kursorin kohdalle. Leikekirjan sisältö tulkitaan muodostuneeksi joko lyhyistä tai pitkistä haponnimistä riippuen pääikkunan @{"Symbolit" link "MainWindow" 0}-gadgetista. Väliviivat, välilyönnit, rivinvaihdot ja muut kontrollimerkit ohitetaan. Mikäli leikkeen sisällössä on tuntematon @{"haponnimi" link "2.1" 0} (esimerkiksi kirjoitusvirhe), antaa ohjelma virheviestin eikä liimausta tapahdu. @endnode @node "1.5" "Editointi/Valitse kaikki" @toc "1.0" @next "1.7" @prev "1.3" Valitsee koko sekvenssin seuraavaa @{"editointivalikon" link "1.0" 0} toimintoa varten. @endnode @node "1.7" "Editointi/Poista" @toc "1.0" @next "2.0" @prev "1.5" Poistaa @{"hiirellä" link "MainWindow" 0} tai @{"Editointi/Valitse kaikki" link "1.5" 0}-toiminnolla valitun alueen sekvenssistä. Ole varovainen; tätä toimintoa ei voi peruuttaa. @endnode @node "2.0" "Aminohapot-valikko" @next "2.1" @prev "1.7" Aminohapot-valikko: @{" Muokkaa... " link "2.1" 0} @{" Avaa... " link "2.3" 0} @{" Tallenna... " link "2.4" 0} @endnode @node "2.1" "Aminohapot/Muokkaa" @toc "2.0" @next "2.3" @prev "2.0" Avaa aminohappotaulukon muokkausikkunan. Tässä ikkunassa on mahdollista muokata editoinnissa ja tulostuksessa käytettävää aminohappovalikoimaa eli ns. aminohappotaulukkoa. Kullakin aminohapolla täytyy olla pitempi nimi (tällä hetkellä korkeintaan 5 kirjainta) ja yksikirjaiminen lyhenne. Lyhenne kannattaa valita @{"standardin" link "Amino acids" 0} mukaisesti. "Help"-näppäimellä saadaan tämä sivu näkyviin. Esim. @{u}pitkä lyhenne@{uu} Ala A Tyr Y ... Ikkunassa olevassa listassa (listview) näkyvät aminohappojen "pitkät" nimet. Kutakin happoa vastaavan lyhyen nimen saa näkyviin valitsemalla hiirellä halutun pitkän nimen; lyhyt nimi ilmestyy Lyhenne-gadgetiin. @{u}Gadgetien selitykset@{uu} Lisää Kun haluat lisätä uuden hapon aminohappotaulukkoon, paina tätä gadgetia. Listan alapuolella olevassa gadgetissa voit editoida kysymysmerkin '?' tilalle haluamasi pitkän haponnimen. Return- tai TAB-näppäimellä pääset Lyhenne- gadgetiin. Poista Tällä poistetaan valittu aminohappo taulukosta. Ylös Siirtää valittua happoa listassa ylöspäin. Alas Siirtää valittua happoa listassa alaspäin. Lyhenne Tähän annetaan pitkää haponnimeä vastaava lyhenne. Lyhenteeksi käyvät kaikki kirjoittuvat merkit paitsi väliviiva '-', joka on varattu aminohappojen erottimeksi. Käytä Tätä nappia painaessasi hyväksyt tehdyt muutokset aminohappotaulukkoon. Peruuta Tällä napilla voit peruuttaa tehdyt muutokset aminohappotaulukkoon. @endnode @node "2.3" "Aminohapot/Avaa" @toc "2.0" @next "2.4" @prev "2.1" Lukee @{"aminohappotaulukon" link "Files" 0} levyltä. @endnode @node "2.4" "Aminohapot/Tallenna" @toc "2.0" @next "3.0" @prev "2.3" Tallentaa @{"aminohappotaulukon" link "Files" 0} levylle. @endnode @node "3.0" "Asetukset" @next "3.1" @prev "2.4" Asetukset-valikko: @{" Yleiset... " link "3.1" 0} @{" Formaatti.. " link "3.2" 0} @{" Avaa... " link "3.4" 0} @{" Tallenna... " link "3.5" 0} @{" Tallenna ikoni? " link "3.7" 0} @endnode @node "3.1" "Asetukset/Yleiset" @toc "3.0" @next "3.2" @prev "3.0" Avaa yleisasetuksien muokkausikkunan. Nämä asetukset vaikuttavat editointialueen ulkonäköön. "Help"-näppäimellä saadaan tämä sivu näkyviin. @{u}Gadgetit@{uu} Happoja/rivi Montako haponnimeä @{"editointialueen" link "MainWindow" 0} riville enintään tulostetaan. Vähimmäismäärä on yksi; jos määrä on suurempi kuin mitä editointialueelle mahtuu, tulostetaan vain mahtuva määrä. Numeron pituus Montako numeroa (max. 10) käytetään kuvaamaan hapon numeroa editointirivin alussa. Väliviiva Jos tämä on valittu, tulostetaan editoinnissa sekä @{"Editointi/Leikkaa" link "1.1" 0} ja @{"Editointi/Kopioi" link "1.2" 0} -valikkotoiminnoissa väliviiva '-' happojen väliin. @endnode @node "3.2" "Asetukset/Formaatti" @toc "3.0" @prev "3.1" Avaa formaattiasetuksien muokkausikkunan. Nämä asetukset vaikuttavat vain @{"formaattitoimintoihin" link "0.7" 0}. @{"Esimerkki" link "Example" 0} formaatin käytöstä on toisaalla. "Help"-näppäimellä saadaan tämä manuaalisivu näkyviin. @{u}Gadgetit@{uu} Alkuteksti Tämä rivi sellaisenaan tulostetaan @{"formaattitallenteen" link "0.7" 0} tai @{"formaattitulosteen" link "0.8" 0} alkuun. Rivin voi jakaa useammaksi rivinvaihtomerkillä '\n'. Kenoviivan saa kirjoittamalla kaksi kenoviivaa '\\'. Esimerkiksi rivi "Otsikko" tulostuu, kun alkutekstiksi on määritelty "Otsikko\n". Tässä EI pidä käyttää %s-, %lu- tai vastaavia kontrollikoodeja, sillä ne voivat kaataa koneen. Formaatti Tähän gadgetiin tulee antaa printf-tyylinen formaattijono, jonka perusteella kukin sekvenssin peptidi tallennetaan tai tulostetaan. Sallittuja ovat normaalin kirjainmerkistön lisäksi rivinvaihtomerkki '\n' ja kenoviivamerkki '\\' sekä seuraavat kontrollijonot (Esimerkiksi rivin "020: PEPT" formaattiriviksi annetaan "%03.lu: %s".): @{u}jono tulostuu@{uu} %% % %s peptidi - tämä pitää aina olla ja vain kerran %lu peptidin ensimmäisen hapon numero (right justified) Voit käyttää myös muotoa %-lu, jolloin numero tulostuu left justified-tyyliin. Lisäksi %LEV.lu ja %-LEV.lu- muodolla voit määritellä numerokentän leveyden LEV kpl merkiksi. %4.lu ja %04.lu eroavat siten, että täyte- merkkinä edellisessä on välilyönti, jälkimmäisessä 0. Hapon numeron voi jättää formaatista pois. Lopputeksti Tämä rivi sellaisenaan tulostetaan formaattitallenteen tai -tulosteen loppuun samalla periaatteella kuin aikaisempi alkuteksti. Peptidin pituus Formaattitallennuksessa ja -tulostuksessa tulostettavan peptidin pituus. Askel Peptidien ensimmäisten happojen välinen etäisyys eli ns. offset. Jos halutaan esimerkiksi peptidejä yhden aminohapon välein, on askel 1. Tulosta osa Jos tämä on valittu, tulostetaan vain määritelty lukumäärä peptidejä alkaen annetusta aminohaposta. @endnode @node "3.4" "Asetukset/Avaa" @toc "3.0" @next "3.5" @prev "3.2" Lukee @{"asetustiedoston" link "Files" 0} levyltä. @endnode @node "3.5" "Asetukset/Tallenna" @toc "3.0" @next "3.7" @prev "3.4" Tallentaa @{"asetukset " link "Files" 0}levylle. @endnode @node "3.7" "Asetukset/Tallenna Ikoni?" @toc "3.0" @prev "3.5" Jos tämä on valittu, SeqGen tallentaa projekti-ikonin samalla kun se @{"tallentaa sekvenssin" link "0.4" 0}. Ikonin kuva otetaan tiedostosta config/def_seq.info. @endnode